Когда Эйприл решила порадовать своих друзей необычными подарками, она и предположить не могла, что приобретённый ею антикварный скипетр станет причиной головокружительных приключений. Этот древний артефакт оказался не просто украшением, а устройством для перемещения во времени. Однако, у него есть особенность: чтобы отправиться в прошлое или вернуться обратно, вес путешественников должен строго совпадать с обеих сторон временного коридора. В результате Эйприл оказывается в далёкой Японии времён самураев — в 1603 году. Черепашки-ниндзя, не раздумывая, решают спасти подругу из незнакомого и враждебного мира. Но их попытка прыжка во времени терпит неудачу, и команда оказывается в самом эпицентре битвы. Ситуация усложняется: Микеланджело теряется вместе со скипетром, который необходим для возвращения домой. Пока трое оставшихся героев пытаются отыскать пропавшего друга и восстановить устройство, им предстоит столкнуться с самураями, изучить ландшафт феодальной Японии и объединиться с местными жителями, стремящимися к свободе от тирании. В это время в современном мире Сплинтер и Кейси Джонс вынуждены справляться с неожиданными гостями из прошлого, создающими хаос на улицах. Смогут ли черепашки одолеть врагов, спасти Эйприл и вернуть украденный скипетр прежде, чем время навсегда разделит их миры?